Het waterbeheer in de droogmakerijen vormt een groot probleem. De verziltingsdruk neemt plaatselijk toe door de stijgende zeespiegel en de oprukkende zouttong in de rivieren. Dit is schadelijk voor landbouw en natuur. Verzilting heeft bovendien ongunstige effecten op het watersysteem als geheel. Brakke kwel wordt doorgaans met zoet water weggespoeld maar om dat te kunnen doen moeten de waterbeheerders veel, relatief schaars, zoet water inlaten. De brakke kwel leidt ook tot aantasting van de kwaliteit van de –zoete - boezemwateren.
Op de lange termijn kan het nodig zijn het watersysteem in sommige droogmakerijen ingrijpend aan te passen aan de nieuwe omstandigheden, maar dan krijgen deze gebieden andere functies. Het kan leiden tot het verdwijnen van de landbouw en het veranderen van de droogmakerijen in natuurgebied. Het kan ook een optie zijn om een droogmakerij weer onder water te zetten, in combinatie met natuurontwikkeling op kunstmatige duinen of zandeilanden. Er zijn ook oplossingen die verzilting juist als strategie inzetten. Of het ooit zover komt, is nog lang niet zeker. De ervaringen met twee icoonprojecten, Horstermeerpolder en Groot-Mijdrecht Noord, kunnen het denken over de toekomst van droogmakerijen verder brengen.